当研究センターではワンヘルス向上のために糸状菌を中心とした菌類の持つ能力を活用する。特に、ヒトや動物の間で流行している感染症の治療および予防、また人類の健康?自然環境維持のために創出する医薬?動物薬?農薬のリード化合物を産生する多種多様な糸状菌（菌類）を自然環境から収集し、糸状菌ライブラリーの構築を行っている。
糸状菌は微生物の中で最も多くの種を擁する大分類群である。世界中で毎年1,000種の新種糸状菌が発見されており、糸状菌由来の新しい化合物も毎年600以上発見されている。これまでの当研究センターの研究成果から、新規化合物は海洋島（過去に一度も大陸と繋がったことのない島）と呼ばれる島に生息する糸状菌から高い確率で発見される事を見出した。そのため、海洋島を中心に特殊環境から糸状菌の分離および分類を行う。さらに、新しい培地?培養法を開発することで未知糸状菌や新規生物活性物質の発見につなげる。
新規生物活性物質の発見を目指した糸状菌の分離?分類学的研究および二次代謝産物解析
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海洋島およびその他の特殊環境からの糸状菌の分離
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糸状菌の分類学的研究（新規化合物生産菌および未知糸状菌）
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新しい培地または培養法を用いた糸状菌分離法の確立
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共培養、光照射培養、低分子化合物などを利用した糸状菌二次代謝産物解析
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微生物資源研究センターは、 微生物資源センターから名称を変更しました。(2015.4.1)
