東洋医学総合研究所は1972年に我が国初の東洋医学の総合的な研究機関として設立されましたが、その後の功績が認められ、1986年には我が国初のWHO伝統医学協力センターに指定されました。研究所スタッフのたゆまぬ努力と研鑽により、現在に至るまで指定が継続されております（現在国内で指定されているのは当研究所と富山大学医学部和漢診療学講座の計2施設です）。

WHOの目的は、全ての人々が可能な最高の健康水準に到達することであり、目的達成のために漢方?鍼灸のような伝統医学が大きな役割を果たすことが期待されております。当研究所は、国内外研究者の教育と情報交換、漢方薬や鍼灸の有用性の評価や品質管理方法の確立、漢方薬や鍼灸の作用機序の解明、医史学研究の実施等を通じて、国内のみでなく世界の伝統医学の発展に貢献できるよう、日々努力しております。